A Guerra da Independência, ocorrida entre 1822 e 1824, representou a luta dos patriotas, aqueles que, imbuídos de um forte nativismo, se contrapunham à recolonização proposta pelas Cortes portuguesas.

Oficializada a separação política de Portugal, a Independência não foi aceita imediatamente por todos. Governadores de algumas províncias resistiram a aceitar a separação, apoiados pelas tropas militares portuguesas. Embora o Sul permanecesse coeso, nas províncias do Norte – Maranhão e Grão-Pará –, na Bahia, no Mato Grosso e nas Províncias Unidas do Prata houve lutas entre partidários de Portugal e os defensores da Independência do Brasil. Essas províncias contavam com grande número de tropas e comerciantes portugueses com interesses muito mais ligados a Portugal do que ao Rio de Janeiro. Além disso, muitos ressentimentos acumulados contra a "nova Lisboa" faziam com que as juntas governativas permanecessem ligadas às Cortes de Lisboa.

Como as forças militares brasileiras não formassem ainda uma tropa bem treinada, era necessário organizá-las. Providenciou-se a compra de armas, de navios e foram recrutados militares estrangeiros, franceses e ingleses, que atuaram como mercenários. A ajuda das milícias populares, principalmente nas regiões Norte e Nordeste, foi muito importante na luta contra os portugueses.

Na Bahia, em inícios de 1822, a população se rebelou contra as tropas portuguesas comandadas por Madeira de Melo, cercando a cidade de Salvador. Apesar do envio de tropas do Rio de Janeiro, lideradas pelo brigadeiro francês Labatut, os rebeldes não conseguiram vencer os portugueses, que, por seu lado, também receberam reforços, mas ficaram isolados em Salvador. Nessa ocasião, os soldados portugueses invadiram o Convento da Lapa, em busca de "patriotas" escondidos, assassinando a madre superiora, irmã Joana Angélica, que tentou impedir a invasão.

Os patriotas retiraram-se para o interior, dominaram todo o Recôncavo Baiano, controlando inclusive a Ilha de Itaparica. Nesses grupos de guerrilheiros voluntários estava Maria Quitéria de Jesus Medeiros, filha de um fazendeiro do interior, que teve atuação importante na luta contra as tropas de Madeira de Melo, recebendo, mais tarde, a medalha da Ordem Imperial do Cruzeiro do Sul.

Em maio de 1823 chegou à Bahia uma esquadra comandada pelo almirante Lord Cochrane. As tropas de Madeira de Melo não tinham mais condições de resistir. Ameaçadas pela fome, pois com o Recôncavo dominado pelos "patriotas" era cada vez mais difícil conseguir alimentos, deixaram Salvador no dia 2 de julho, data em que, na Bahia, se comemora a Independência.

As províncias do Norte, formadas pelo Maranhão, Piauí e pelo Grão-Pará, estavam mais ligadas a Portugal do que às províncias do Sul. Assim, quando foi proclamada a Independência, preferiram se manter fiéis a Lisboa. Em São Luís, capital do Maranhão, a esquadra de Lord Cochrane ameaçou bombardear a cidade, conseguindo a rendição dos portugueses em 28 de julho de 1823. No Piauí, as tropas de João da Cunha Fidié foram derrotadas e a província aderiu à Independência por volta de agosto do mesmo ano.

Na província do Grão-Pará, mesmo antes da Independência já havia lutas entre a população e a junta governativa. O ano de 1823 marcou o auge dos conflitos. Quando o navio Maranhão, comandado por Lord Grenfell, chegou à costa paraense, trazendo a notícia da chegada da esquadra do almirante Cochrane, a população invadiu o palácio do governador, demitiu a junta e entregou o poder provincial aos líderes populares. Grenfell reprimiu violentamente a população e seus líderes. Muitos foram fuzilados, e cerca de 300 prisioneiros foram colocados no porão de uma embarcação com escotilhas fechadas e cal jogada sobre eles. Todos morreram asfixiados.

Nas Províncias Unidas do Prata, as forças da junta estavam divididas. Os favoráveis às Cortes, chefiados por D. Álvaro da Costa, obrigaram os partidários da Independência a retirar-se de Montevidéu. Após a vitória sobre as forças de Madeira de Melo, na Bahia, o almirante Cochrane enviou à Cisplatina cinco navios, que bloquearam Montevidéu. Em fins de 1823, as tropas portuguesas foram expulsas.

Com o término da Guerra da Independência, todas as províncias estavam incorporadas ao Império brasileiro, o que, no entanto, não significou o fim das rivalidades entre as forças favoráveis a Portugal e os patriotas.