Cerca de 3,5 milhões de índios habitavam o Brasil na época do descobrimento. Dividiam-se em quatro grupos linguístico-culturais: tupi, jê, aruaque e caraíba. Naquela ocasião, os tupis acabavam de ocupar o litoral, expulsando para o interior as tribos que não fossem tupis. Portanto, manter relações de amizade e aliança com o grupo dominante passou a ser fundamental para os conquistadores europeus.
As tribos tupis eram formadas por indivíduos cujas aldeias ocupavam uma área contígua, falavam a mesma língua, tinham os mesmos costumes e possuíam um sentimento de unidade. Não existia uma autoridade central na tribo. Cada uma das aldeias constituía uma unidade política independente, com um chefe que não se distinguia dos demais homens: caçava, pescava e trabalhava na roça como qualquer um. Só em caso de guerra o comando era entregue ao morubixaba. Havia ainda um chefe para as cerimônias religiosas, que tinha grande influência sobre o grupo; ele era também o curandeiro da tribo, cuidando dos doentes com ervas medicinais e magia. Não havia nem escravos nem uma camada dominante, pois as técnicas rudimentares forçavam todos a trabalhar igualmente. A esse tipo de organização social dá-se o nome de comunidade tradicional.
Os diferentes grupos tribais do Brasil se caracterizavam pela utilização de uma técnica rudimentar na obtenção dos meios de subsistência. Isso se refletia na exploração dos recursos naturais, bastante limitada, e na maior ocupação do tempo nas tarefas que garantissem a sobrevivência. Embora a caça, a pesca e a coleta fossem atividades comuns a todas as tribos, assumiam maior importância para as nômades, que desconheciam a agricultura. A atividade agrícola era realizada quase que somente em terrenos florestais, dada a sua fertilidade.
No contato com os indígenas, os jesuítas os classificaram em dois grandes grupos: os tupis, povos de "língua geral", e os tapuias, povos de "língua travada". Estes últimos foram depois identificados como jês. Para melhor lidar com as tribos, os jesuítas aprenderam a língua tupi. Modificaram-na, criaram uma gramática e a transformaram na língua comum a várias tribos. Assim, a identidade cultural dos nativos foi descaracterizada, tornando-os alvos mais fáceis para os interesses dos missionários.
Até entre os índios do mesmo grupo linguístico-cultural havia constantes embates, motivados tanto por questões tribais – disputa da área de caça e ofensas familiares – como pelas alianças com os invasores estrangeiros. Percebendo essa situação, os próprios portugueses estimulavam ou até provocavam as rivalidades, como forma de facilitar sua dominação.
As relações amistosas entre estrangeiros e tupis provocaram, por vezes, reações hostis por parte dos demais grupos indígenas, que passaram a encará-los como inimigos. Os jês, um desses grupos, incluíam tribos como a dos aimorés, localizadas em Caravelas e Ilhéus, a dos Goitacases – no Rio Paraíba – e a dos Carijós, em Curitiba. E ainda eram jês algumas tribos que já haviam recuado para o interior, como a dos Cariris do sertão, entre o Rio São Francisco e o Ceará. A disputa era, então, entre grupos tupis e jês – consequentemente, entre jês e os estrangeiros. Aruaques e caraíbas ficaram fora das desavenças, uma vez que habitavam a região amazônica, bem distante dos interesses iniciais dos portugueses.
