Em 1835, a Farroupilha eclodiu. Liderados por Bento Gonçalves, Davi Canabarro, Bento Manuel Ribeiro e contando com a participação do italiano José Garibaldi, os revoltosos tomaram Porto Alegre. Com a ajuda das "companhias de guerrilhas", organizadas pelos estancieiros, o movimento estendeu-se por toda a província.
Os farrapos conseguiram algumas vitórias, até que, em 1836, as forças imperiais conseguiram retomar Porto Alegre. No mesmo ano, Bento Gonçalves foi preso e enviado para a Bahia (Forte do Mar). O comando dos farrapos passou para José Gomes de Vasconcelos Jardim.
Em setembro de 1837, Bento Gonçalves conseguiu fugir da prisão – ao que parece, com a ajuda dos maçons –, embarcando para Buenos Aires, de onde voltou para o Rio Grande do Sul, reassumindo o comando rebelde.
Em 1838 foi proclamada a República de Piratini, ou Rio-Grandense. Por meio de manifestos, o governo da nova República esclarecia as razões do movimento e atacava diretamente "a corte viciosa e corrompida".
Em 1839, a revolta atingiu a província de Santa Catarina, onde os rebeldes tomaram Laguna e proclamaram a República Juliana. Foi em Santa Catarina, nesse mesmo ano, que Garibaldi conheceu sua mulher, a brasileira Ana Maria de Jesus Ribeiro, chamada de Anita Garibaldi. Anita Garibaldi, heroína brasileira, teve participação ativa ao lado de Garibaldi e, em 1848, quando o marido voltou para a Itália, ela o acompanhou e lutou junto com ele pela Unificação Italiana.
Com o Golpe da Maioridade, que deu início ao governo pessoal de D. Pedro II, em 1840, o governo concedeu anistia aos presos políticos do Período Regencial. Os rebeldes gaúchos não a aceitaram e continuaram a luta.
Eles não queriam a separação da província do resto do Império, o que causaria a perda do mercado interno do charque, formado pelas outras províncias, principalmente as do Centro-Sul. Defendendo ideias federalistas, procuravam na verdade preservar sua autonomia política e administrativa e seus interesses econômicos.
Em 1842, Luís Alves de Lima e Silva, o Barão de Caxias, que acabara de esmagar a Balaiada, foi nomeado presidente e chefe militar da província do Rio Grande do Sul. Iniciando a chamada política de pacificação, Caxias, com o apoio de Bento Ribeiro, antigo líder dos farrapos, aproveitou-se das divisões entre os rebeldes para fazer acordos em separado com seu chefes. Além disso, conseguiu impedir que os farroupilhas continuassem a receber armamentos vindos do Uruguai.
Em 1845, Caxias firmou com Davi Canabarro a Paz do Ponche Verde. Encerrava-se a Revolta dos Farrapos. O acordo de paz foi muito vantajoso para os farroupilhas: anistia aos revoltosos; integração dos oficiais rebeldes ao Exército Imperial com suas patentes; liberdade para os escravos que haviam participado da guerra; taxação sobre o charque platino importado; pagamento, pelo Império, das dívidas da guerra; e indicação, pelos farrapos, do presidente de sua província.
Ao contrário do que ocorrera em outras províncias, o tratamento dispensado aos rebeldes do Sul foi bastante diferente. O governo mais negociou e cedeu do que reprimiu. Afinal de contas, os farrapos não deixavam de fazer parte da "boa sociedade". Embora o movimento não tenha realizado a federação, consolidou o poder dos estancieiros no Sul. Ainda em 1845, D. Pedro II visitou o Rio Grande do Sul, concretizando a reaproximação entre os membros da "boa sociedade", os que governavam a casa – as estâncias – e o Estado – o governo. Luís Alves de Lima e Silva foi eleito senador pela província, recebendo o título de Conde de Caxias.