O rápido e caótico povoamento do território das Minas logo provocou problemas. Não era fácil chegar àquela área, o que tornava complexo o abastecimento que vinha de longe. Faltavam escravos, utensílios diversos, animais de carga. Tudo isso acrescido dos perigos dos caminhos, nem sempre bem guardados.
Desordem e insegurança associadas serviram de pano de fundo para a chamada Guerra dos Emboabas.
Nesses conflitos pelo controle das Minas enfrentaram-se, de um lado, os paulistas – descobridores daquela área – e, do outro, os "emboabas", gente chegada às Minas após os paulistas terem se estabelecido ali.
Outros interesses estiveram em jogo, em um território onde a autoridade real desejava se fixar rápida e definitivamente. A disputa pelo monopólio do comércio de gêneros, por exemplo, gerava desentendimentos com os habitantes das Minas, que pretendiam ver garantido o abastecimento dos arraiais. A Coroa, que impusera a cobrança de taxas sobre toda mercadoria que entrasse nas Minas, enfrentava problemas também para reprimir alguns emboabas que contrabandeavam gêneros alimentícios.
O sangrento conflito – em que o medo, as traições e as vinganças pontuavam como poderosa artilharia, ao lado de pistolas, facas e setas – terminou em 1709, com a expulsão dos paulistas da área, abrindo a possibilidade para a ação da Coroa portuguesa naquele território. Formava-se a região das Minas.
