A situação do lote correspondente à capitania do Rio de Janeiro, negligenciada pelo seu donatário, Martim Afonso de Sousa (1490/1500?-1571), era tão grave que, em 1552, com o governo-geral já instituído, os índios “tamoios, aliados aos franceses chegaram a impedir que Tomé de Sousa”, segundo palavras da historiadora Armelle Enders, desembarcasse na Baía de Guanabara. Retornando a Portugal (1º de junho de 1553), Tomé de Sousa (1503-1579), em carta-relatório enviada ao rei, mencionou suas preocupações: “Parece-me que V.A. deve mandar fazer ali uma povoação honrada e boa, porque já nesta costa não há rio em que entrem franceses senão neste, e tiram dele muita pimenta, e fui sabedor que um ano tiraram 50 pipas e tirarão quantas quiserem”.
Além da correspondência oficial, são inúmeros os relatos de viagens, mapas e cartas, roteiros e diários de bordo escritos por navegadores e por comerciantes que, ao serem acolhidos nos portos, descreviam as vilas, as cidades e seus habitantes. Apesar de Portugal proibir o comércio com estrangeiros, acordos de paz assinados entre as monarquias europeias determinavam não ser permitido, em nenhum porto, negar hospitalidade às embarcações das chamadas nações amigas que precisassem de reparos, ou não acudir os doentes. Com essas alegações, muitas caravelas e naus entravam pela Baía de Guanabara. A tripulação abrigada estava proibida de exercer qualquer tipo de comércio. Na prática, isso nem sempre era respeitado, e o contrabando corria livre, contando, muitas vezes, com a cumplicidade ou até com a iniciativa dos locais. A partir do final do século XVII e durante todo o século seguinte, a região da capitania do Rio de Janeiro seria cada vez mais assediada por navios europeus que usavam argumentos de socorro e de ajuda para a sua tripulação. A Coroa lusa vivia o sonho dos descobrimentos, em meio ao pesadelo de possíveis invasões.
