Objetivando pôr fim às ameaças que pesavam sobre a região e porque, segundo o padre José de Anchieta (1534-1597), “naquele lugar não havia mais que uma légua de ruim água, e esta era pouca”, os portugueses decidiram transferir a localização da cidade de São Sebastião, fundada por Estácio de Sá (1520-1567), mais para o interior da barra. Pensar na geografia do lugar onde se localizaria o novo sítio urbano era prioridade! Conduzidos por uma lógica geoestratégica, escolheram um morro, chamado de Castelo. Com uma altitude em torno de 60 metros, dominava o sudoeste da Baía de Guanabara, situando-se sobre as lagoas e os pântanos existentes na costa. Possuindo um topo mais plano, facilitava as construções de pedra e de taipa, que abrigariam uma estrutura administrativa similar à da metrópole portuguesa. Quanto ao sopé, sua vegetação original foi toda removida, sempre privilegiando a defesa das ameaças reais ou imaginadas. O núcleo primitivo da cidade começava ali.
Para o geógrafo Maurício de Almeida Abreu, “a partir de sua consolidação como cidade por Mem de Sá, em torno do Morro do Castelo, em 1567, o ‘termo da Cidade de São Sebastião’ coincidia com a capitania, um entorno de cerca de 40 quilômetros continente adentro, território sobre o qual a cidade tem jurisdição. Espaço restrito, mas singular: desde o início, o Rio de Janeiro é uma cidade real”.
Contudo, após essa transferência para um local supostamente seguro, a região não experimentou dias fáceis e muito menos tranquilos. Grupos de índios tamoios, embora tenham perdido terreno, resistiram, mantendo enfrentamentos que colocavam em risco o domínio luso. A cidade viveu por mais algum tempo em constante estado de alerta, temendo ataques desses indígenas.
