Objetivando dar sustentação à sua real presença na possessão americana, D. João (1767-1826) reformou o Rio, então sede do império português, com ações importantes que deram outro perfil à cidade.
A Escola Anatômica, Cirúrgica e Médica, instalada em 1808, representou o início das instituições voltadas para a saúde. Em 1809, foi criado um Observatório Astronômico e também a Fábrica de Pólvora. A Academia Militar, datada de 1811, tinha, entre suas atribuições, promover um curso das chamadas ciências exatas (Matemática) e de observação (Física, Química, Mineralogia e História Natural). Além dos oficiais do Exército, deveria formar engenheiros, geógrafos e topógrafos que pudessem conduzir obras públicas, como a abertura de estradas e a instalação de portos. Três inaugurações marcaram o ano de 1816: a Escola Real de Ciências, Artes e Ofícios e o Museu Real, com a finalidade de estimular os estudos de botânica e de zoologia.
Quanto ao Real Horto Botânico do Rio de Janeiro – que não seria o primeiro Jardim Botânico do Brasil –, D. João dedicou uma atenção especial, buscando atrair pesquisadores europeus para as terras americanas.
Até então, poucos estudiosos tinham se interessado em explorar a natureza tropical. Isso aconteceu ora pelas barreiras criadas por Portugal, antes da Abertura dos Portos em 1808, ora pela falta de interesse e de motivação para embrenhar-se pelo desconhecido. A presença de expedições naturalistas possibilitou ampliar o conhecimento científico a partir de dezenas de achados reveladores. O Brasil começou a se distinguir na Europa pela variedade de sua flora e fauna, provocando o estudo das riquezas tropicais.
No Real Horto Botânico, seguindo o espírito daqueles tempos, aconteceram experiências com espécies diversas, raras, desconhecidas, que começaram a formar o acervo do local. Eram plantas aclimatadas, por exemplo, para a produção comercial, o uso prático farmacêutico ou para tinturaria. Localizado na região da Lagoa Rodrigo de Freitas, teve como desafio inicial aclimatar as chamadas especiarias do Oriente: baunilha, canela, cravo-da-índia. E, também, lichia, fruta-pão, manga, jaca, carambola e amora, entre inúmeras outras frutas. Houve, ainda, um interesse na cultura da Camellia sinensis, da qual se obtém o conhecido chá-preto, que, entretanto, não alcançou os resultados esperados.