As insatisfações dos colonos contra os religiosos e o monopólio comercial da Companhia Geral do Comércio do Estado do Maranhão acabaram gerando uma rebelião, em fevereiro de 1684, que ficou conhecida como Revolta de Beckman, por ter sido liderada por Manuel Beckman.
Os revoltosos – comerciantes e proprietários rurais de São Luís, contando com apoio popular – decidiram expulsar os jesuítas e extinguir a Companhia Geral de Comércio do Estado do Maranhão. O irmão de Manuel, Tomás Beckman, foi enviado a Lisboa para que, na corte, manifestasse claramente a fidelidade ao rei e à metrópole e lutasse pelas reivindicações que os colonos entendiam justas.
A administração portuguesa reagiu enviando um novo governador, Gomes Freire de Andrade, que, ao desembarcar em São Luís com as forças que o acompanhavam de Portugal, não encontrou resistência. Gomes Freire, então, restabeleceu as autoridades depostas, ordenando a prisão e o julgamento dos envolvidos no movimento. Apontados como líderes, Manuel Beckman e Jorge Sampaio receberam como sentença a morte pela forca.
Durante o governo de Dom Pedro II de Portugal (1683-1706), a Companhia seria extinta, definitivamente, a pedido do próprio governador. A situação de pobreza do estado do Maranhão permaneceu no decorrer dos primeiros tempos do século XVIII. Na segunda metade daquele século, contudo, o governo do Marquês de Pombal (1750-1777) tentou achar soluções para a região. A administração pombalina, dentro da política reformista adotada, criou, entre outras medidas, a Companhia de Comércio do Grão-Pará e Maranhão.
Aproveitando-se oportunamente de situações externas favoráveis – a Revolução Industrial que ocorria na Inglaterra e a Guerra da Independência das Treze Colônias, na América –, a Companhia, em meados do século XVIII, estimulou o plantio do algodão no Maranhão, financiando essa atividade. A exportação do produto cresceu significativamente. Entretanto, quando a Inglaterra reatou relações com a sua antiga colônia, a produção maranhense entrou em declínio.
Essas situações, entre outras dificuldades, levaram à extinção do estado do Maranhão em 9 de julho de 1774. Suas capitanias ficaram subordinadas ao vice-rei do Brasil, com sede no Rio de Janeiro. Ao mesmo tempo, a expulsão dos jesuítas, por Pombal, fez desorganizar a atividade da coleta das "drogas do sertão" na Amazônia.
