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Instalada a Assembleia Geral, foi eleita em 17 de junho de 1831 a Regência Trina Permanente, que ficou composta pelos deputados José da Costa Carvalho, político do sul do país, João Bráulio Muniz, do norte, e novamente pelo brigadeiro Francisco de Lima e Silva. Tal composição representava, por um lado, uma tentativa de equilíbrio entre as forças do norte e do sul do país; por outro lado, a permanência do brigadeiro Francisco de Lima e Silva era a garantia do controle da situação e da manutenção da ordem pública.
Característica importante dessa Regência era sua composição por deputados, diferentemente da anterior, formada por senadores. A Câmara dos Deputados simbolizava a defesa da liberdade e era representativa dos interesses do grupo dos moderados. A Câmara tornou-se um centro de pressão em favor das mudanças constitucionais, em contraste com o Senado, que simbolizava a oposição às reformas e era considerado pelos moderados um "ninho de restauradores".
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A Câmara logo firmou posição ao aprovar, em 14 de junho, lei que tirava dos regentes as atribuições do Poder Moderador. Por essa lei, os regentes ficavam impedidos de dissolver a Câmara dos Deputados, de conceder títulos de nobreza, de decretar a suspensão das garantias constitucionais e de negociar tratados com potências estrangeiras, como, por exemplo, os tratados referentes ao tráfico negreiro intercontinental.
Figura de destaque nessa Regência foi o padre Diogo Antônio Feijó, nomeado ministro da Justiça, cargo que assumiu sob a condição de que lhe garantissem grande autonomia de ação. Feijó teve carta branca para castigar os desordeiros e os delinquentes, o direito de exonerar e responsabilizar os funcionários públicos negligentes ou prevaricadores e a possibilidade de manter um jornal sob sua responsabilidade direta.
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Feijó teve atuação enérgica na repressão às agitações populares e aos levantes militares que ocorreram na capital e em diversos pontos do país nesse período. Para garantir a integridade territorial e a defesa da ordem pública, criou, em 18 de agosto de 1831, o Corpo de Guardas Municipais Permanentes no Rio de Janeiro e a Guarda Nacional na corte e em todas as províncias. Órgãos subordinados ao Ministério da Justiça, se constituíram na principal força armada do Império.