Localizada às margens da Baía de Guanabara, a cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro, que ainda nesse primeiro momento parecia um acampamento, serviria, inicialmente, de base na luta contra os franceses e seus aliados indígenas – os tamoios. Até o final de 1566, a região viveu em meio aos enfrentamentos que não cessaram. Apesar dos riscos e das ameaças, prosseguia a extração do pau-brasil na Mata Atlântica. O tempo passava, e os franceses, que ocupavam espaços em terras da América portuguesa, prosseguiam ignorando o Tratado de Tordesilhas. Até que reforços militares chegaram às terras cariocas e, associados aos indígenas adversários dos tamoios (e chefiados por Arariboia), definiram a situação.
Os franceses não conseguiram resistir. Tinham perdido o apoio dos seus aliados nativos – a maioria pacificada pelos religiosos da Companhia de Jesus, Manuel da Nóbrega (1517-1570) e José de Anchieta (1534-1597), com a promessa de não serem mais atacados ou escravizados. Assim, os franceses foram definitivamente expulsos da cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro, depois de um longo confronto travado no dia 20 de janeiro 1567: a Batalha de Uruçumirim (no local onde, atualmente, é a Praia do Flamengo). Chegava ao fim a França Antártica.
Estácio de Sá, atingido por uma flecha envenenada no decorrer da luta (no sopé do morro onde hoje está o Outeiro da Glória), não resistiu aos ferimentos, falecendo em 20 de fevereiro de 1567. Morreu sem presenciar, ainda no mesmo ano, a transferência da cidade para o local definitivo, escolhido por Mem de Sá (1500-1572): o Morro do Descanso, mais tarde chamado de Morro do Castelo.
O que mudaria diante do insucesso da ocupação dos franceses nas terras do entorno da Baía de Guanabara? E se os portugueses tivessem sido derrotados? A tentativa dos franceses fracassou; era a vez de os portugueses tentarem.
