Durante sua breve estada em Salvador, D. João foi muito festejado pela população, que desejava que a corte fosse lá instalada, saudosa da condição de antiga sede da colônia. Mais festejado foi ainda quando, em 28 de janeiro, decretou a abertura dos portos ao comércio internacional, ainda que em caráter provisório. Essa medida, tomada pela necessidade da própria corte portuguesa de assegurar sua sobrevivência, gerou, de fato, o fim do monopólio comercial, base das relações entre metrópole e colônia.
Os beneficiados de imediato por essa medida foram os comerciantes dos Estados Unidos, mas, com a assinatura dos Tratados de 1810, os interesses ingleses acabaram sendo os mais favorecidos. Para o brasileiro Hipólito José da Costa, editor do jornal Correio Braziliense, editado em Londres entre 1808 e 1822, eram exagerados os festejos da população em torno desse ato, uma vez que o governo português só o adotou face a sua extrema importância para ele, e não porque pretendesse beneficiá-la.
Antes de embarcar para o Rio de Janeiro, D. João criou, na Bahia – a conselho do cirurgião-mor da corte, o pernambucano José Correia Picanço, mais tarde Barão de Goiana –, a Escola de Cirurgia, futura faculdade médica. Desembarcando no Rio no dia 7 de março, D. João pôs logo em prática sua política administrativa, aconselhado por D. Rodrigo de Sousa Coutinho, Conde de Linhares e recém-nomeado ministro dos Negócios Estrangeiros e da Guerra.
