Fazer o Tratado de Madri foi mais fácil do que cumpri-lo. O conhecimento pouco exato das terras no coração do continente sul-americano dificultava o trabalho dos homens que formavam as comissões de demarcação dos limites.
Além disso, eles enfrentavam a oposição das populações dos territórios espanhóis que não aceitavam passar para o domínio português. E o mesmo acontecia com as populações dos territórios colonizados pelos portugueses que deveriam passar para o domínio espanhol.
As maiores dificuldades ocorreram na região dos aldeamentos jesuíticos de Santo Ângelo, São Borja, São João Batista, São Luiz Gonzaga, São Lourenço, São Miguel e São Nicolau – os Sete Povos das Missões Orientais do Uruguai. Incentivados pelos jesuítas, os nativos aldeados recusaram-se a abandonar as terras onde viviam uma experiência colonizadora diferente, pegando em armas contra as forças espanholas e portuguesas. Foram as Guerras Guaraníticas.
As Guerras Guaraníticas se estenderam de 1754 a 1756. Provocaram a morte de milhares de nativos e a dispersão dos sobreviventes pelas terras do sul do continente. Nas cortes ibéricas, propiciaram o fortalecimento das opiniões daqueles que se opunham à Companhia de Jesus, o que culminou com a expulsão dos padres jesuítas de Portugal e da Espanha, assim como, logo depois, de seus domínios coloniais.
As mortes de D. João V e Fernando VI também contribuíram para o enfraquecimento das relações de amizade e cooperação que haviam aproximado as duas monarquias ibéricas, de tal modo que, em 1756, os dois reinos já se defrontavam em uma nova guerra europeia: a Guerra dos Sete Anos. Em 1761, a Convenção do Pardo anulou as disposições do Tratado de Madri.
