Uma violenta repressão iniciou-se em agosto de 1824. As tropas do governo avançaram e, com sucessivas vitórias, puseram fim à Confederação do Equador em 29 de novembro de 1824. As instruções passadas pelo governo imperial diziam "não admitir concessão ou capitulação, pois a rebeldes não se deve dar quartel".
A maior parte dos líderes do movimento, em Pernambuco e nas outras províncias, foi presa e julgada por tribunais militares. Frei Caneca foi acusado, entre outras ações, de "aprender ofício de soldado (...) de ser declamador (...) de ser capitão de guerrilhas, (...) de fugir com os rebeldes e, na debandada, de ser preso".
D. Pedro I mostrou-se irredutível em relação ao cumprimento das penas dos condenados à morte. Não atendeu a nenhum apelo, irritando-se com a insistência dos pedidos. Frei Caneca, condenado à forca, acabou sendo fuzilado por soldados das tropas imperiais em 13 de janeiro de 1825, pois os carrascos pernambucanos negaram-se a cumprir a sentença. O historiador Nelson Werneck Sodré comenta que Frei Caneca, às vésperas da morte, compôs alguns versos, sendo que os últimos diziam: "A vida do patriota não pode o tempo acabar...".
