Com o retorno de Caxias ao Rio de Janeiro, o imperador entregou o comando ao Conde d'Eu, que passou a chefiar as tropas a partir de 22 de março de 1869. O novo comandante, casado com Isabel – princesa herdeira do trono brasileiro –, não tinha problemas nem com o Partido Conservador nem com o Partido Liberal, até porque a "guerra já se tornara apartidária", segundo Lilia Moritz Schwarcz.
Essa mesma historiadora considera que o conde transformou-se numa espécie de capitão do mato atrás de López, chefiando um exército mestiçado de cerca de 26 mil homens cansados e desmotivados. Mesmo assim, sucessivos confrontos sangrentos resultaram em muitas baixas e prisões de adolescentes e crianças que se haviam transformado em soldados paraguaios. A desolação, em meio a saques e matança, expressava-se neste verso popular:
"Urubu do Paraguai
Foi dizer ao presidente
Que estava com o bico doce
De comer carne de gente".
